一张古老的星际地图，上面标记着精灵图鉴上所未知的特异精灵，吸引了两艘赛尔号飞船。
小墨是赛尔号飞船上一名小小的机械师，并不热衷于星际探险和通过战斗收集精灵；但机缘巧合之下他成却为了拯救赛尔号的英雄……
罗杰船长为了寻找传说中的特异精灵，无意中发现了一艘全部漆成黑色的赛尔号；打算把特异精灵"拍成"照片的黑色赛尔号利用可复制任何能力无限分裂的机械精灵击败了拍照片的赛尔号，所有的战士包括传奇精灵"雷伊"和舰长罗杰都成为了海盗美利图的俘虏。
宇宙海盗势力浮出水面，佐格和艾里逊现身，又是接受了谁的指使？当赛尔号飞船陷入绝境之时，雷伊挺身而出，他能否击退黑暗势力的来袭？传说中的"神兽"精灵，到底是何方神圣？
沉默的机械师、胆小的播音员还有爱出风头的厨师加上他们只擅长逃跑的三大"神兽精灵"为了回家结成了联盟。划拳决定的领袖天才机械师小墨成了赛尔号的新舰长，山寨商人处买来的半残摩托车成了小飞船，只顾自己逃命的神兽精灵击败了战无不胜的机械精灵，他们甚至穿过了黑洞，见到了特异精灵--凤凰。
然而美利图和他的手下在黑洞分子重组而成终极力量的精灵，终极对决下，美利图再一次失败了。