出生三流忍者家的乱太郎，在父母的期待下，进入忍术学院念书，并在那里交下雾丸、新兵卫两位好朋友。他们三个人无论是上课还是考试，总是一次又一次失败。一天，一名刺客想要杀害四年级的齐藤鹰丸，乱太郎一行人为了搭救朋友行动起来……