本片讲述的是兜甲儿和剑铁也二人合流之后的故事，面临永远的敌人”地狱博士“和他的机械兽，为了保卫光子力研究所而开始了不懈的战斗。但是在一次战斗中，由于阿修罗男爵投入了大量机械兽，从空陆两方夹击，大魔神不支战败，而魔神ｚ更是被捕获带走，甲儿与此同时也失踪了，生死未卜。
一日，阿修罗男爵带着改造后的魔神Z侵入了光子力研究所，...